真言
爐香贊：
爐香乍爇法界蒙薰諸佛海會悉遙聞隨處結祥雲誠意方殷諸佛現全身
南無香雲蓋菩薩摩訶薩（三稱）
淨口業真言：
唵，修利修利，摩訶修利，修修利，娑婆訶
淨意業真言：
唵，嚩日囉怛訶賀斛
淨身業真言：
唵，修哆利，修哆利，修摩利，修摩利，娑婆訶
淨三業真言：
唵，娑嚩婆嚩秫馱，娑嚩達摩，娑嚩婆嚩秫度憾
安土地真言：
南無三滿哆，毋馱喃，唵，度嚕度嚕，地尾，娑婆訶
普供養真言：
唵，誐誐曩，三婆嚩，襪日囉斛
發願文：
稽首三界尊，皈依十方佛，我今發宏願，持此藥師經
上報四重恩，下濟三塗苦，若有見聞者，悉發菩提心，
盡此一報身，同生琉璃國
親覲大慈父，殷勤聞真諦，
學習獅子吼，回返娑婆地，度衆脫苦海，弘法利羣迷
藥師佛贊：
皈命滿月界淨妙琉璃尊
法藥救人天因中十二願
慈悲弘誓廣願渡諸含生
我今申讚揚志心頭面禮
奉請十二藥叉大將
奉請宮毗羅大將奉請伐折羅大將
奉請迷企羅大將奉請安底羅大將
奉請額你羅大將奉請珊底羅大將
奉請因達羅大將奉請波夷羅大將
奉請摩虎羅大將奉請真達羅大將
奉請招杜羅大將奉請毗羯羅大將
奉請八菩薩
奉請文殊師利菩薩
奉請觀世音菩薩
奉請得大勢菩薩
奉請無盡意菩薩
奉請寶檀華菩薩
奉請藥王菩薩
奉請藥上菩薩
奉請彌勒菩薩
南無本師釋迦牟尼佛（三稱）
南無藥師琉璃光如來（三稱）
南無藥師會上佛菩薩（三稱）
開經偈：
無上甚深微妙法
百千萬劫難遭遇
我今見聞得受持
願解如來真實義