真言
炉香赞：
炉香乍爇法界蒙熏诸佛海会悉遥闻随处结祥云诚意方殷诸佛现全身
南无香云盖菩萨摩诃萨（三称）
净口业真言：
唵，修利修利，摩诃修利，修修利，娑婆诃
净意业真言：
唵，嚩日啰怛诃贺斛
净身业真言：
唵，修哆利，修哆利，修摩利，修摩利，娑婆诃
净三业真言：
唵，娑嚩婆嚩秫驮，娑嚩达摩，娑嚩婆嚩秫度憾
安土地真言：
南无三满哆，毋驮喃，唵，度噜度噜，地尾，娑婆诃
普供养真言：
唵，誐誐曩，三婆嚩，袜日啰斛
发愿文：
稽首三界尊，皈依十方佛，我今发宏愿，持此药师经
上报四重恩，下济三涂苦，若有见闻者，悉发菩提心，
尽此一报身，同生琉璃国
亲觐大慈父，殷勤闻真谛，
学习狮子吼，回返娑婆地，度众脱苦海，弘法利群迷
药师佛赞：
皈命满月界净妙琉璃尊
法药救人天因中十二愿
慈悲弘誓广愿渡诸含生
我今申赞扬志心头面礼
奉请十二药叉大将
奉请宫毗罗大将奉请伐折罗大将
奉请迷企罗大将奉请安底罗大将
奉请额你罗大将奉请珊底罗大将
奉请因达罗大将奉请波夷罗大将
奉请摩虎罗大将奉请真达罗大将
奉请招杜罗大将奉请毗羯罗大将
奉请八菩萨
奉请文殊师利菩萨
奉请观世音菩萨
奉请得大势菩萨
奉请无尽意菩萨
奉请宝檀华菩萨
奉请药王菩萨
奉请药上菩萨
奉请弥勒菩萨
南无本师释迦牟尼佛（三称）
南无药师琉璃光如来（三称）
南无药师会上佛菩萨（三称）
开经偈：
无上甚深微妙法
百千万劫难遭遇
我今见闻得受持
愿解如来真实义